植物功能基因组学与表观遗传研究团队
一、 研究方向
植物功能基因组学与表观遗传研究团队目前有教授1人，副教授2人，讲师2人。本团队研究方向主要是以拟南芥﹑水稻和油菜为对象，研究植物生长发育﹑开花转换及抗病过程中基因网络表达调控，功能基因的分子作用机理等。近年来，团队成员先后承担多项国家自然科学基金﹑湖北省自然科学基金及校企合作横向项目；在Nature Genetics, Nature Plants, Molecular Plant, Current Opinion in Plant Biology, New Phytologist, Plant Biotechnology Journal, Plant Communications, The Plant Journal, Rice, Theoretical and Applied Genetics等知名学术期刊上发表论文20余篇。
二、 团队成员
袁文雅，1980年4月出生，博士，教授，博士研究生导师，团队负责人。2002年6月本科毕业于华中农业大学生命科学技术学院；2009年6月博士毕业于华中农业大学生物化学与分子生物学专业；2009年7月至2014年6月，在新加坡国立大学从事博士后研究工作；2014年7月至2016年3月，在中科院上海植物逆境生物学中心从事副研究员研究工作；2017年5月在九游会老哥俱乐部任职至今。研究方向包括水稻﹑拟南芥等模式植物的生长发育﹑开花转换过程中基因表达调控，功能基因的分子作用机理等。近年来，承担国家自然科学基金面上项目1项﹑湖北省自然科学基金杰青项目1项及校企合作横向项目1项；在Nature Genetics, Plant Communications, The Plant Journal, Rice, Environmental Science: Nano, International Journal of Molecular Sciences等杂志上发表论文10余篇。Email：wyyuan@hubu.edu.cn; yuanwenya@126.com。
张海涛，1983年2月出生，博士，副教授，硕士研究生导师。2004年6月本科毕业于华中农业大学生命科学技术学院；2011年12月博士毕业于华中农业大学生物化学与分子生物学专业；2012年1月至2017年8月，在华中农业大学，作物遗传改良国家重点实验室水稻抗病研究室先后从事助理研究员﹑副研究员研究工作；2017年9月在九游会老哥俱乐部任职至今。研究方向为水稻抗病基因的克隆及作用机制，植物与病原菌互作的分子机制等。近年来，承担国家自然科学基金青年项目1项及校企合作横向项目1项；在Nature Plants, Current Opinion in Plant Biology, Plant Communications, BMC Plant Biology等杂志发表论文10余篇。Email：zht@hubu.edu.cn。
李海涛，1986年10月出生，博士，副教授，博士研究生导师。2009年6月本科毕业于华中农业大学植物科学技术学院；2015年6月博士毕业于华中农业大学作物遗传育种专业；2015年7月至2019年5月，在华中农业大学植物科学技术学院从事博士后研究工作；2019年5月在九游会老哥俱乐部任职至今。研究方向为植物功能基因组学和表观遗传学，侧重于株型调控的遗传和分子机理以及优良种质资源的创制。近年来，承担国家自然科学基金面上项目1项﹑国家自然科学基金青年基金1项﹑中国博士后科学基金面上项目1项及校企合作横向项目1项。在New Phytologist, Plant Biotechnology Journal, Theoretical and Applied Genetics, BMC Plant Biology, Molecular Breeding等杂志上发表论文10余篇。Email：lht@hubu.edu.cn。
李燕，1987年9月出生，博士，讲师，硕士研究生导师。2010年6月毕业于中南民族大学，获得生物工程专业工学学士学位；2018年12月毕业于华中农业大学，获得生物化学与分子生物学专业博士学位；2019年2月至2021年2月在湖北大学从事博士后研究工作；2021年2月至今在九游会老哥俱乐部工作。主要从事水稻分蘖角度、分蘖数﹑产量及品质性状等相关基因的克隆及功能解析工作。近年来，承担国家自然科学基金青年基金1项﹑湖北省自然科学基金青年基金1项，中国博士后科学基金面上项目1项。在Molecular Plant, Plant Biotechnology Journal, The Plant Journal, Frontiers in Plant Science, BMC Plant Biology等杂志上发表论文10余篇。Email：20210035@hubu.edu.cn; yanyanli110@163.com。
张标明，1989年8月出生，博士，讲师。2012年6月本科毕业于江西农业大学生命科学与工程学院；2020年8月博士毕业于华中农业大学生物化学与分子生物学专业，2020年9月至2022年8月，在湖北大学从事博士后研究工作；2022年8月至今在九游会老哥俱乐部工作。研究方向为水稻抗病分子生物学，植物与病原菌互作的分子机制等。近年来，承担国家自然科学基金青年项目1项；在Plant Communications, The Plant Journal等杂志发表论文3篇。Email：zbm@hubu.edu.cn。
三、 研究成果
1. 拟南芥开花调控
Yuan et al., 2016, Nature Genetics
2. 水稻抗病机理研究
Zhang et al., 2016, Nature Plants
3. 水稻分蘖调控
Li et al., 2022, The Plant Journal
4. 水稻分蘖角度调控
Li et al., 2020, Plant Biotechnology Journal
5. 水稻抗病基因克隆
Zhang et al., 2020, Plant Communications
6. 油菜株型调控基因的克隆
Li et al., 2019, New Phytologist
四、 承担的科研项目
1. 国家自然科学基金面上项目(32172028)：BnaA3.IAA7调控油菜株型的表观遗传机制及其应用，2022.01–2025.12，主持人：李海涛，经费69.6万元，在研。
2. 国家自然科学基金青年基金(32101746)：亚铁血红素激活蛋白OsHAP2J调控水稻种子垩白的分子机理研究，2022.01–2024.12，主持人：李燕，经费30万元，在研。
3. 湖北省自然科学基金青年基金(2021CFB033)：核因子Y及其互作蛋白OsSIPs影响水稻株型及产量的分子机理研究，2022.1–2024.01，主持人：李燕，经费8万元，在研。
4. 国家自然科学基金青年项目(32101747)：一个影响水稻抗白叶枯病基因Xa14发挥功能之基因的克隆与功能研究，2022.01–2024.12，主持人：张标明，经费30万元，在研。
5. 湖北省中央引导地方科技发展专项(2019ZYYD028)：湖北省植物倍性种质创新与绿色应用工程研究中心创新平台建设，2019.07–2020.06，主持人：袁文雅，经费93万元，结题。
6. 湖北省自然科学基金杰出青年人才项目(2019CFA096): 拟南芥春化中CME-VALs-H3K27me3互作介导FLC沉默的遗传机制研究, 2019.09–2022.08, 主持人：袁文雅，经费10万元，结题。
7. 博士后科学基金面上项目(2019M652604)：生长素响应因子ARF12及ARF17调控水稻分蘖的功能解析，2019.1–2021.12，主持人：李燕，经费8万元，结题。
8. 国家自然科学基金面上项目(31872811)：VALs蛋白调控拟南芥开花的遗传机制，2019.01–2022.12，主持人：袁文雅，经费72万元，在研。
9. 国家自然科学基金青年基金(31601332)：甘蓝型油菜矮秆基因DS-5的克隆及功能研究，2017.1–2019.12，主持人：李海涛，经费24万元，结题。
10. 博士后科学基金面上项目(2015M582240)：冬性甘蓝型油菜BnA2.FT基因的功能分析，2019.1–2021.12，主持人：李海涛，经费5万元，结题。
11. 国家自然科学基金青年基金(31200912)：一个水稻持久抗病基因识别的病原菌分泌物的鉴定，2013.1–2015.12，主持人：张海涛，经费24万元，结题。
五、 论文（#并列一作, *通讯作者）
1. Li Yan#, He Yizhou#, Liu Zhixin, Qin Tian, Wang Lei, Chen Zhihui, Zhang Biaoming, Zhang Haitao, Li Haitao, Liu Li, Zhang Jian, Yuan Wenya* (2022). OsSPL14 acts upstream of OsPIN1b and PILS6b to modulate axillary bud outgrowth by fine-tuning auxin transport in rice. The Plant Journal, doi: 10.1111/tpj.15884.
2. He Yizhou#, Li Yan#, Bai Zetao, Xie Meili, Zuo Rong, Liu Jie, Xia Jing, Cheng Xiaohui, Liu Yueying, Tong Chaobo, Zhang Yuanyuan*, Liu Shengyi (2022). Genome-wide identification and functional analysis of Cupin_1 domain-containing members Involved in the responses to sclerotinia sclerotiorum and abiotic stress in Brassica napus. Frontiers in Plant Science, 13, 983786.
3. Chen Chuanyou#, Gong Xia#, Li Yan, Li Haitao, Zhang Haitao, Liu Li, Liang Dacheng, Yuan Wenya* (2022). Interaction analysis between the Arabidopsis transcription repressor VAL1 and transcription coregulators SIN3-LIKEs (SNLs). International Journal of Molecular Sciences, 23, 6987.
4. Zhang Biaoming, Han Xiaoyuan, Yuan Wenya*, Zhang Haitao* (2022). TALEs as double-edged swords in plant–pathogen interactions: Progress, challenges and perspectives. Plant Communications, 3, 100318.
5. Zhou Ying#*, Lei Fang#, Wang Qiong, He Weicong, Yuan Bin, Yuan Wenya* (2020). Identification of novel alleles of the rice blast-resistance gene Pi9 through sequence-based allele mining. Rice, 13, 80.
6. Zhang Biaoming, Zhang Haitao*, Li Fang, Ouyang Yidan, Yuan Meng, Li Xianghua, Xiao Jinghua, Wang Shiping* (2020). Multiple alleles encoding atypical NLRs with unique central tandem repeats in rice confer resistance to Xanthomonas oryzae pv. Oryzae. Plant Communications, 1, 100088.
7. Li Haitao#, Feng Hui#, Guo Chaocheng, Yang Shanjing, Huang Wan, Xiong Xiong, Liu Jianxiao, Chen Guoxing, Liu Qian, Xiong Lizhong, Liu Kede, Yang Wanneng* (2020). Highthroughput phenotyping accelerates the dissection of the dynamic genetic architecture of plant growth and yield improvement in rapeseed. Plant Biotechnology Journal, 18, 2345–2353.
8. Li Yan#, Li Jiali#, Chen Zhihui, Wei Yi, Qi Yanhua, Wu Changyin* (2020). OsmiR167a-targeted auxin response factors modulate tiller angle via fine-tuning auxin distribution in rice. Plant Biotechnology Journal, 18, 2015–2026.
9. Wang Xiuping#, Liu Caixiang#, Li Hongqiang, Zhang Haitao, Ma Ruijing, Zhang Qinwen, Yang Fang, Yuan Wenya*, Chen Fangfang* (2019). Metabonomics-assisted label-free quantitative proteomics and transcriptome analysis reveals novel insights into antifungal mechanism of graphene oxide for controlling Fusarium graminearum. Environmental Science: Nano, 6, 3401–3421.
10. Huang Fei#, Yuan Wenya#, Tian Shu, Zheng Qijie, He Yuehui* (2019). Gene mediated long-day induction of flowering but inhibit the floral transtion in short days through histone deacetylation in Arabidopsis. The Plant Journal, 100, 101–113.
11. Li Haitao, Li Juanjuan, Song Jurong, Zhao Bo, Guo Chaocheng, Wang Bo, Zhang Qinghua, Wang Jing, King J Graham, Liu Kede* (2019). An auxin signaling gene BnaA3.IAA7 contributes to improved plant architecture and yield heterosis in rapeseed. New Phytologist, 222, 837–851.
12. Wang Bo#, Wu Zhikun#, Li Zhaohong, Zhang Qinghua, Hu Jianlin, Xiao Yingjie, Cai Dongfang, Wu Jiangsheng, King J Graham, Li Haitao*, Liu Kede* (2018). Dissection of the genetic architecture of three seed-quality traits and consequences for breeding in Brassica napus, Plant Biotechnology Journal, 16, 1336–1348.
13. Li Yan, Xiao Jinghua, Chen Lingling, Huang Xuehui, Cheng Zhukuan, Han Bin, Zhang Qifa*, Wu Changyin* (2018). Rice Functional Genomics Research: Past Decade and Future, Molecular Plant, 11, 359–380.
14. Li Yan#, Li Xuemei#, Fu Debao, Wu Changyin* (2018). Panicle Morphology Mutant 1 (PMM1) determines the inflorescence architecture of rice by controlling brassinosteroid biosynthesis, BMC Plant Biology, 18, 348.
15. Li Haitao, Wang Bo, Zhang Qinghua, Wang Jing, King J Graham*, Liu Kede* (2017). Genome-wide analysis of the auxin/indoleacetic acid (Aux/IAA) gene family in allotetraploid rapeseed (Brassica napus L.), BMC Plant Biology, 17, 204.
16. Yuan Wenya, Luo Xiao, Li Zicong, Yang Wannian, Wang Yizhong, Liu Rui, Du Jiamu, He Yuehui* (2016). A cis cold memory element and a transepigenome reader mediate Polycomb silencing of FLC by vernalization in Arabidopsis. Nature Genetics, 48, 1527–1534.
17. Zhang Haitao, Tao Zeng, Hong Hanming, Chen Zhihui, Wu Changyin, Li Xianghua, Xiao Jinghua, Wang Shiping* (2016). Transposon-derived small RNA is responsible for modified function of WRKY45 locus, Nature Plants, 2, 16016.
18. Li Haitao, Li Juanjuan, Zhao Bo, Wang Jing, Yi Licong, Liu Chao, Wu Jiangsheng, King J Graham, Liu Kede* (2015). Generation and characterization of tribenuron-methyl herbicide resistant rapeseed (Brasscia napus) for hybrid seed production using chemically-induced male sterility. Theoretical and Applied Genetics, 128, 107–118.
19. Zhang Haitao, Wang Shiping* (2013). Rice versus Xanthomonas oryzae pv. Oryzae: a unique pathosystem. Current Opinion in Plant Biology, 16, 188–195.
20. Li Haitao, Younas Muhammad, Wang Xiaofeng, Li Xuemin, Chen Lin, Zhao Bo, Chen Xun, Xu Jinsong, Fan Hou, Hong Baohua, Liu Gang, Zhao Hongyang, Wu Xueli, Du Hongzhi, Wu Jiangsheng, Liu Kede* (2013). Development of a core set of single-locus SSR markers for allotetraploid rapeseed (Brassica napus L.). Theoretical and Applied Genetics, 126, 937–947.
21. Zhang Haitao, Cao Yinglong, Zhao Jing, Li Xianghua, Xiao Jinghua, Wang Shiping* (2011). A pair of orthologs of a leucine-rich repeat receptor kinase-like disease resistance gene family regulates rice response to raised temperature. BMC Plant Biology, 11, 160.
22. Li Haitao, Chen Xun, Yang Yuan, Xu Jinsong, Gu Jianxun, Fu Jie, Qian Xiaoju, Zhang Shunchang, Wu Jiangsheng, Liu Kede* (2011). Development and genetic mapping of microsatellite markers from the whole genome shotgun sequences in Brassica oleracea. Molecular Breeding, 28, 585–596.
23. Yuan Wenya, Li Xingwang, Chang Yuxiao, Wen Ruoyu, Chen Guoxing, Zhang Qifa, Wu Changyin* (2009). Mutation of a rice gene PAIR3 encoding a coiled-coil protein results in defective chromosome pairing in meiosis. The Plant Journal, 59, 303–315.
六、 专利
1. 刘莉、杨红、李萍、袁文雅；一种叶绿体蛋白和ATPase酶活性突变体在提高植物抗逆性中的应用，专利号：ZL 2019 1 0151790.6。
2. 刘克德、李海涛、李娟娟、宋居荣、赵波；一种控制油菜株型的基因、分子标记及应用，专利号：ZL 2017 1 1219717.5。
3. 王晶、刘克德、李海涛、李娟娟、郭涛、殷帅；一种控制甘蓝型油菜开花期的分子标记及应用，专利号：ZL 2017 1 1233453.9。
4. 刘克德、吴江生、刘超、李海涛、李娟娟、赵波；利用抗除草剂基因的油菜化学杀雄制种方法，专利号：ZL 2014 1 0314435.3。
5. 吴昌银、李雪梅、符德保、李燕；一个控制水稻穗型基因PM1的克隆及其应用， 专利号：CN201210509346.5。
6. 吴昌银、袁文雅、 张启发；一种控制水稻花粉育性基因及应用，专利号：ZL 2006 1 0018575.1。
